(一) 原理 超淨工作台的潔淨環除味濾網境是在特定的空間內，潔淨空氣(進濾空氣)按設定的方向流動而形成的。以氣流方向來分，現有的超淨工作台可分為垂直式，由內向外式以及側向式。從操作質量和對環境的影響來考慮，以垂直式較優越。由供氣濾板提供的潔淨空氣以一個特定的速度下降通過操作區，在大約操作區的中間分開，由前端空氣吸入孔和後吸氣窗吸走，HEPA在操作區下部吸入的空氣混合在一起，並由風機吸入後正壓區，在機器的上部，氣體通過供高效過濾器重新進入操作區。為補充排氣口排出的空氣，同體積的空氣通過操作口從房間空氣中得到補充。這些空氣絕對不會進入操作區，只是形成一個空氣屏障。
(二)調試 所在的超淨工作台出廠前都經過嚴格的測試，以保證正常的使用。但這並不是說，廠家的測試就能代替操作者使用前作必要的檢驗和調試。因為超淨工作台所處的環境各異，只有經過適當的檢驗和調試，才能最大限度地發揮設備的作用。
在調試前應為機器選定一個較好的環境。將其置於一間有空氣消毒設施的無菌室是最好的，如果條件不具備，就應將機器安放於人員走動少、較清潔的房間中。調整各腳的高度，以保證穩妥和操作面的水平。超淨工作台的供電應采用一條專門電路，以避免電路過載造成空氣流速的改變。與簡陋的無菌罩相比，超淨台具有允許操作者自由活動，容易達到操作區的任何地方以及安
紫外線殺菌燈和照明用日光燈是超淨工作台的標准配置，鼓風機提供空氣流動的動力，這些部件是否正常工作是一目了然的。最困難也是最重要的是檢查空氣濾板及其密封性，它直接關系到機器的正常使用。最簡單無塵室設備工程的檢查方法是營養瓊脂平板法。
新購買的和久置未用的超淨工作台除用紫外燈等照射外，最好能進行熏蒸處理，然後在機器處於工作狀態時在操作區的四角及中心位置各放一個打開的營養瓊脂平板，兩小時後蓋上蓋並置37℃培養箱中培養24小時，計算出菌落數。平均每個平皿菌落數必須少於0。5個。
(三) 使用 超淨工作台使用前應用紫外燈照射30-40分鐘，並檢查操作區周圍各種可開啟的門窗處於工作時位置。操化學濾網作最好在操作區的中心位置進行，在設計上，這是一個較安全的區域。
在進行操作前應對實驗材料有一個初步的認識，同時了解自已所使用的設備的性能及安全等級。嚴格執行實驗室安全規程。特定病原在任何超淨工作台中的使用必須進行安全性評估。如果實驗材料會對周圍環境造成環境污染，就應避免在無排氣濾板的型號內使用，因為在流動空氣中操作與散毒無異。
任何先進的設備並不能保證實驗的成功，動物檢疫實驗室超淨工作台的活性碳濾網使用是以無菌和避免交叉污染為目的，因此熟練的操作和明確的無菌要領是必不可少的。
(四)維護 超淨工作台是一台較精密的電氣設備，對其進行經常性的保養和維護是非常重要的。
首先要保持室內的干燥和清潔，潮濕的空氣既會使制造材料鏽蝕，還會影響電氣電路的正常工作，潮濕空氣還利於細菌、霉菌的生長。清潔的環境還可延長濾板的使用壽命。
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